No se puede negar que el manatí es un mamífero acuático muy singular, con una anatomía única. En plena madurez pueden pesar hasta 1200 libras y tener hasta 10 metros de longitud. Muchas personas opinan que el manatí es un animal que resulta muy extraño o desproporcionado, por ejemplo, tiene un cuerpo grande, pero sus ojos son muy pequeños y separados.
Los manatíes tienen el labio superior prensil, de forma similar a la trompa de un elefante, pero en este caso una trompa mucho más corta. Este labio es muy importante para el manatí, ya que lo utiliza para obtener y consumir los alimentos, socializar y para comunicarse con los demás.
Cuentan con un intestino ciego para ayudar a digerir las grandes cantidades de plantas que ellos consumen, este es un aparato digestivo que conduce al intestino grueso, se cree que puede ser tan grande como la de un caballo de tamaño regular. Este órgano ayuda a eliminar las bacterias que se encuentran en los alimentos y que si se consumen en exceso, pueden ocasionar problemas graves.
Aunque los manatíes tienen dientes, no los utilizan para comer. Todos los dientes son iguales, o sea, no lucen de la misma forma que en los humanos u otros animales, por lo general son solo 6 y si se cae alguno, puede crecer nuevamente. Además puede notarse que el manatí tiene una cola muy pequeña, característica que lo ayuda a navegar en el agua ya que esta es una de las partes más fuertes del cuerpo de un manatí.
Para saber si un manatí es macho o hembra debe observarse en el área de los genitales, los machos tienen la suya debajo del ombligo, mientras que las hembras tienen la tienen encima del ano.
La piel de un manatí es muy gruesa y arrugada, similar a la de un elefante, por ello, muchas personas suelen confundir a los manatíes jóvenes con los más adultos, la piel arrugada no es un signo de envejecimiento, sino que es simplemente parte de su anatomía en general. Otros piensan que el manatí de tamaño grande tiene grasa como las focas y las ballenas, sin embargo, la mayor parte del cuerpo corresponde al estómago y al tracto digestivo, su intestino grueso puede ser de hasta 15 metros de longitud.
Todos los manatíes tienen bigotes en la cara y se cree que los ayuda sensorialmente con las vibraciones. Estas barbas son muy sensibles y los investigadores creen que ayudan en varios tipos de funciones cerebrales, así como la memoria y la toma de decisiones.
Las aletas del manatí son una parte muy valiosa para ellos, de hecho, si se lesionan en este lugar les será muy difícil sobrevivir. La aleta tiene huesos articulados que ayudan al manatí a lograr una variedad de movimientos como moverse en el agua, agarrar la comida y aferrarse a las cosas. Cada aleta tiene varias uñas afiladas que les permiten agarrarse fácilmente.
Una de las fallas de la anatomía del manatí es que no puede mover la cabeza por sí mismo, tiene que girar su cuerpo para poder ver a ambos lados. Las investigaciones han demostrado que tienen sólo 6 vertebras en lugar de 7 y es por eso que no tienen amplia libertad de movimiento con la cabeza.